Criado pela Lei nº 8.315, de 23/12/91, é uma entidade de direito privado, paraestatal, mantida pela classe patronal rural, vinculada à Confederação da Agricultura e Pecuária do Brasil – CNA e administrada por um Conselho Deliberativo tripartite. Integrante do chamado Sistema S, tem como função cumprir a missão estabelecida pelo seu Conselho Deliberativo, composto por representantes do governo federal e das classes trabalhadora e patronal rural.

O carácter privado não afasta a importância de garantir a transparência das ações desenvolvidas com os recursos recebidos pelo SISTEMA FAPERON para o cumprimento da sua missão.